醫院信息系統的組成主要由硬件系統和軟件系統兩大部分組成。在硬件方面，要有高性能的中心電子計算機或服務器、大容量的存儲裝置、遍布醫院各部門的用戶終端設備以及數據通信線路等，組成信息資源共享的計算機網絡；在軟件方面，需要具有面向多用戶和多種功能的計算機軟件系統，包括系統軟件、應用軟件和軟件開發工具等，要有各種醫院信息數據庫及數據庫管理系統。

從功能及系統的細分講，醫院信息系統一般可分成三部分：一是滿足管理要求的管理信息系統；二是滿足醫療要求的醫療信息系統；三是滿足以上兩種要求的信息服務系統，各分系統又可劃分為若干子系統。此外，許多醫院還承擔臨床教學、科研、社會保健、醫療保險等任務，因此在醫院信息系統中也應設置相應的信息系統。

醫院信息系統應具備以下基本功能：

（1）收集并永久存儲醫院所需全部數據。

（2）由于醫院信息尤其是病人信息具有動態數據結構和數據快速增加的特性，醫院信息系統應具有大容量的存儲功能。

（3）數據共享。

（4）要能快速、準確地隨時提供醫院工作所需要的各種數據，支持醫院運行中的各項基本活動。

（5）具有單項事務處理、綜合事務處理和輔助決策功能。

（6）具備數據管理和數據通信的有效功能，確保數據的準確、可靠、保密、安全。

（7）為了保證醫療活動和醫院動作不間斷地運轉，系統應具備持續運行的功能。

（8）具有切實有效的安全、維護措施，確保系統的安全性。

（9）具備支持系統開發和研究工作的必要軟件和數據庫。

（10）具有良好的用戶環境，終端用戶的應用和操作應簡單、方便、易學、易懂。

（11）系統具有可擴展性。

醫院信息系統在醫院信息化管理中的應用意義如下：

1.就醫流程最優化

把優化病人就醫流程作為以病人為中心的切入點，充分應用各種成熟技術，如磁卡、條形碼，因特網和手機短信等，著力解決諸如門診“三長一短”等現象。

2.醫療質量最佳化

充分利用系統信息及集成，讓醫生及時全面了解患者的各種診療信息，為快速準確診斷奠定良好基礎；并通過各種輔助診療系統的開發，來提高檢查檢驗結果的準確及時性。同時，也能把醫務人員各種可能的差錯降到最低，達到醫療質量最佳化。

3.工作效率最高化

充分利用已有的信息平臺，將各種現代通信技術（如PDA）、自動化設備（如自動擺藥機）和實驗室自動化系統引人醫院數字化建設中，減輕工作強度，提高工作效率。

4.病歷實現電子化

深刻理解電子病歷的內涵，豐富原有病歷的內容，把包括CT、MRI、X線、超聲、心電圖和手術麻醉等影像圖片、聲像動態以及神經電生理信號等全新的信息記錄在案，使病歷更加直觀和全面，確保醫療信息的完整性。

5.決策實現科學化

通過建立強大的管理和診療數據倉庫等系統，使得醫院管理和診療決策完全建立在科學的基礎上，不斷提高管理和診療決策水平。

6.辦公實現自動化

把辦公自動化作為醫院數字化建設的重要組成部分。突出抓好公文流轉辦公的自動化和日常工作管理的自動化，基本實現院內公文無紙化和快速傳遞郵件化。

7.網絡實現區域化

針對病人的合理需求，充分利用網絡資源來提高醫療質量、降低醫療費用和合理利用醫療資源。把區域醫療信息網絡作為醫院數字化建設發展的高級階段進行研究和建設。

8.軟件實現標準化

信息標準化是信息集成化的基礎和前提，把軟件的標準化建設作為醫院與國內外接軌的重要保證貫穿始終。包括采用國際或國家統一的信息交換和接口標準和接口代碼，如采用HL7、DICOM3.0等醫療信息交換和接口標準，各種代碼如疾病、藥品和診療等代碼，采用國際或國家統一的標準代碼，醫院內部的病人ID號也應盡量采用統一的代碼，如身份證號碼等。